Исток
Река берёт начало в горах Шварцвальда (Баден-Вюртемберг, Германия), где возле города Донауэшинген на высоте 678 м над уровнем моря сливаются горные ручьи Бреге (длина 48 км) и Бригах (длина 43 км).
Направление
На своём пути Дунай несколько раз меняет направление. Сначала он течёт по горной области Германии на юго-восток, а потом на отметке 2747 км (километраж реки измеряется от крайней точки гирла в направлении истока) меняет направление на северо-восточное. Это направление сохраняется до города Регенсбург (2379 км), где находится самая северная точка течения реки (49°03′ сев. ш.). Возле Регенсбурга Дунай поворачивает на юго-восток, затем пересекает Венскую котловину, и дальше более чем 600 км течет по Среднедунайской низменности. Проложив русло через горные цепи Южных Карпат по ущелью Железные Ворота, до самого Черного моря (более 900 км) протекает по Нижнедунайской низменности. Самая полноводная точка реки находится возле города Свиштов (Болгария) — 43°38′ сев.ш.
Рукава
У Дуная имеются многочисленные рукава, которые иногда значительно (на 10 и более километров) отходят от основного потока. Наиболее длинными на правом берегу являются рукава Мошонский или Дьёрский Дунай (виток — 1854 км, гирло — 1794 км) и Дунеря-Веке (237 и 169 км); на левом берегу — Малый Дунай (исток — 1868 км, впадает в Ваг), Шорокшарский Дунай (1642 и 1586 км), Борча (371 и 248 км).
Притоки
Дунайский бассейн имеет ассиметричную форму. Меньшей по величине является его правобережная часть (44 % площади водосбора). Но на правом берегу расположены наиболее полноводные притоки, с которыми в Дунай поступает 2/3 воды.
Около 120 притоков Дуная формируют гидрографическую сетку бассейна. Распределены притоки неравномерно: большинство из них находится в передгорьях Альп и Карпат, на территории Венгерской (Среднедунайской) низменности их почти нет.
Притоки Дуная, которые берут начало в горах, имеют в верховьях горный характер. Выходя на равнину, они приобретают типичные черты равнинных рек и на большом протяжении судоходны.
Притоки, которые оказывают существенное влияние на водный режим Дуная, указаны в таблице.
