Поселение на месте Эгера существует с древних времён. В период раннего средневековья регион был населён германскими племенами, которых сменили авары. После разгрома последних окрестности Эгера заселили славяне. В X веке город стал принадлежать венграм. Иштван Святой основал в Эгере епископство. Первый собор города был построен на Крепостном холме, где в настоящее время находится Эгерская крепость. Город рос и развивался вокруг собора и продолжал оставаться одним из важнейших религиозных центров страны. В XIII веке на Крепостном холме была сооружена мощная крепость.
Пик развития города пришёлся на XIV—XVI столетия. В правление Матьяша Корвина (1458—1490) в Эгере было построено множество красивых зданий, в окрестностях Эгера интенсивно развивалось виноградарство и виноделие.
Во время турецкого нашествия на Венгрию в 1552 году Эгерская крепость была осаждена. Героизм защитников крепости под командованием капитана Иштвана Добо, которые сумели выстоять против многократно превосходящих сил противника (защитников было менее 2 000 человек, в турецкой армии более 80 000), стал одним из самых славных моментов в истории Венгрии. В 1596 году турки вновь атаковали Эгер и, на этот раз, сумели овладеть городом, который был под их властью до 1687 года. Турки превратили христианские храмы в мечети, перестроили крепость, построили в городе бани и минареты.
В 1687 году турки были изгнаны из города, который, как и вся Венгрия перешёл под власть Габсбургов. Эгер вновь пережил период бурного развития, было построено множество барочных дворцов и храмов. Эгерские епископы были фактическими хозяевами города и способствовали его процветанию. В 1836 году в Эгере была построена грандиозная базилика, ставшая на тот момент крупнейшей церковью страны. Власть епископов (а с 1804 года архиепископов) подошла к концу после реформ 50-х годов XIX века. Город постепенно стал терять своё значение, железнодорожная линия Будапешт — Мишкольц прошла в стороне от Эгера.
Во время второй мировой войны Эгер, в отличие от многих других венгерских городов, пострадал мало, что способствовало сохранению архитектурных шедевров города и его превращению в один из главных туристических центров страны.
